国家消化系统疾病临床医学研究中心实验室形成了横跨基础、临床、转化三个层面的研究特色，重点研究方向为包括：1.消化方向：消化系早癌分子机制及肿瘤微环境的基础研究；消化系癌前病变及早癌的内镜介入（微创）临床研究；消化系统常见病（肠易激综合征和炎症性肠病）的发病机制研究；消化内镜工程及人工智能辅助诊疗转化研究；消化系肿瘤早诊标记物转化研究等。2.肝病方向：肝纤维化发病机理研究；肝纤维化的无创性诊断研究；阻断与逆转肝纤维化的新靶点、新药物研究。3.普外方向：消化系统肿瘤的分子生物和免疫学致病机制和治疗、肥胖和胆结石等良性疾病的代谢免疫机制研究。为加强中心科研实力，促进基础研究发展，整合科研力量，2022年依托单位新建国家消化中心实验室（西铁营），现实验室建筑面积3261平方米，实验室共有工作人员43人。科研设备374台，其中大型仪器设备23余台。近3年共获批课题122项，共计11761.25万元；发表SCI论文264篇，获得专利授权40 项，专业特色突出、高效优质产出，有效整合临床与基础，促进合作与转化，成为中心重要支撑。并以此为基础于2023年4月成功获批“消化健康全国重点实验室”。